直到邓洪九的徒弟祁衡远被控制，洪九果品员工才意识到情况不妙。自2024年7月起，消息在公司内部流传：祁衡远因退税开票问题被经侦带走。尽管他并非洪九果品正式员工，但与创始人邓洪九关系密切。

随后，邓洪九夫妇被限制出境，公司多地分公司遭到警方调查。投资者发现，部分年流水上亿元的分公司注册地址竟是居民楼，而大额交易客户多为刚成立一两年的企业。这些客户的应收账款被质押给银行换取贷款。

洪九果品于2022年9月上市，首年营收达150亿元，是2019年的6倍。然而，仅发布一份年报后便陷入困境。2024年3月20日，因审计机构毕马威对财报提出质疑，公司宣布停牌，无法按时披露2023年年报。

2025年4月16日，公司公告包括邓洪九在内的六位董事、监事被采取刑事强制措施，涉及骗取贷款及虚开增值税发票等事项。

2023年底，洪九果品推出员工持股计划，660多位员工认购近6000万元。一年后，大部分参与者未收到款项或收益，资金流向成谜。

公司尝试自救，包括劝退员工、质押股份、抵押账款等。但资金压力持续增大，经营活动现金流多年为负。部分下游客户和上游供应商真实性存疑，应收账款和预付款项激增。

2025年4月16日公告高管被抓后，公司进入善后阶段。5月15日股东大会通过重整议案，授权邓洪九之妻江宗英办理相关事项。公司拟与债权人协商债务重整计划，争取延长还款期限、降低利率或债转股等方式减轻负担。

员工们希望通过江宗英解决认购款问题，但她否认非法集资指控。律师指出，若公司虚构持股计划诱骗资金且转移款项，可能构成合同诈骗罪或挪用资金罪。

洪九果品虽深陷危机，但仍被视为少数成功打通跨国供应链的水果企业。员工与投资者认为，若妥善处理问题，公司仍有投资价值。

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